DEFINIÇÕES
Para quem não está familiarizado com os Property Bags, o que são?
Não é nada mais nem menos que um local para armazenar metadados ou propriedades dos teus sites no SharePoint. Os Property Bags são implementados sob a forma de uma tabela hash que consistem de nomes de propriedades e valores ao Nível do Site Collection etc... Por outro lado podemos armazenar no web.config parâmetros, mas esses mesmos parâmetros não estão ao Nível que queremos (ver níveis) o que por si só é uma desvantagem.
NÍVEIS
Podemos definir Property Bags nos seguintes níveis:
Farm (SPFarm class)
Web application (SPWebApplication class)
Site collection (SPSite class)
Site (SPWeb class)
List (SPList class)
EXEMPLO
Analisando um exemplo real, imaginemos que temos a nossa Aplicação dividida por áreas, e a cada área está adstrita uma Site Collection, seria bom logo à partida sabermos em que área estamos, good.. por outro lado podemos persistir um ID de Cliente de uma LOB Application ao nível do Site, logo só temos de defini-lo e invoca-lo sem termos de estar sempre a fazer requests à base de dados. Vejamos o diagrama em baixo

Neste caso persistimos logo a informação da área onde estamos, se mostra ou não a ribbon, e no 3.º caso sabemos logo o ID do Cliente e Empresa bastando apenas utilizar pequenos métodos ou propriedades para obter a informação como vemos em baixo.
O CÓDIGO
DEFINIR
SPSite siteCollection = new SPSite("http://site");
SPWeb site = siteCollection.RootWeb;
site.Properties.Add("SiteKey", "SiteValue");
site.Properties.Update();
LÊR
SPWeb.AllProperties["SiteKey"].ToString()
REMOVER
SPWeb.AllProperties.Remove("SiteKey");
SPWeb.Properties["SiteKey"] = null;
SPWeb.Update();
SPWeb.Properties.Update();
Podemos também definir no SharePoint Designer, mas estes ficarão estáticos e não dinâmicos.

CONCLUSÃO
Esta é uma solução perfeita quando tens que armazenar as configurações de um site específico enquanto for válido o SPWeb.
Existem outras formas de o fazer que podemos ver em detalhe:
Six ways to store settings in SharePoint
João Tito Lívio
SharePoint Consultant, Project Manager
www.primesoft.pt
Microsoft Most Valuable Professional Office Systems desde 2002